三号坑较小，已全部发掘，俑坑呈“凹”字形，分为车马房和南北厢房。在车马房出土指挥车一乘，前有四匹马系驾，后有武士俑4件。在南北厢房出土陶俑64件，其中南厢房42件，北厢房22件。南北厢房的武士俑沿坑壁相间排列，作夹道欢迎状。从发掘情况看，兵器大多为仪仗用的铜殳。
三号坑是兵马俑坑中最小的一个，然而它的建筑形制特殊，结构复杂。一号俑坑平面呈长方形，二号俑坑平面呈曲尺形，惟有三号俑坑平面属于一个不规则的凹字形。它的东边为一条长11.2米、宽3.7米的斜坡门道，与门道相对应的为一车马房。车马房两侧各有一厢房，即南厢房与北厢房。
俑坑形制的区别反映了内涵的不同，一号坑和二号坑都是按实战阵列构筑的，而三号俑坑则是按古代军事指挥部形状构筑的。它的建筑特点体现了古代幕府的基本特征。车马房为一东西向的长方形，东与门道相对，北与北厢房相连，南与南厢房相通。其中置有彩绘木质战车一乘，这乘车的形制与一号俑坑发现的战车有所不同。车舆不仅彩绘着华丽而鲜艳的纹饰，同时于车左侧还发现一个直径42厘米的彩绘花盖。车后陶俑数量也不同于一号坑，一号俑坑出土的战车上往往只有3件陶俑，而三号俑坑出土的战车上为4件陶俑，中间的御手俑和军吏俑呈一前一后排列，其余两件车士俑位于左右两侧。军吏身穿短褐，上披彩绘花边的前胸甲，头戴单卷长冠，右臂微举，手作按剑状。从它的冠式、铠甲、手势分析，其身份高于御手，但似乎又低于一号俑坑车后出土的将军俑。其余两件陶俑似为车左与车右。三号俑坑战车何以要编制4人?早在春秋时期就有一种乘坐4人的指挥车，袁仲一先生认为：“三号坑的车位于队列的最前端，似为前驱车，又名先驱车，行军时导行在先，作战时‘挑战先驱’。即在战前向敌军宣战，表示必战的决心，然后两军交锋。”
由车马房向左拐即南厢房。南厢房似一个“土”字，大概与社稷有关。由前廊、过厅、前室、后室四部分构成。前廊与车马房相通。在前廊和车马房相接处发现一根长3.5米的朽木门楣遗迹。门楣经过髹漆处理，并装有等距离环首铜钉4件。门楣上的环首铜钉当是用以悬挂帷幕的。表明当时由车马房进入南厢房入口处悬挂着帷幕，借以将车马房与南厢房相隔。前廊西边是过厅，过厅之西有前室，前室面积略大，前室之西为后室。在前室与后室相接处同样发现一根长1.5米的朽木门楣遗迹，门楣上也装有等距离的环首铜钉，说明在前室与后室之间也悬挂着帷幕，将前后室隔开。南厢房仅出土42件着甲武士俑，分别排列在前廊、过厅、前室和后室。南厢房还发现过帐钩等饰件。从南厢房特殊的建筑及陶俑排列情况推断，它当是供军事将领议事和休息的场所，前室当是军事将领研究和制定作战方案的合谋厅，后室应为军事将领休息的寝室。
由车马房向右拐即北厢房。北厢房不像南厢房建筑那样复杂，前为廊房，后为正厅。在正厅与廊房相交处也发现一根门楣遗迹，通长近5米，通体髹漆，说明当年的门楣上也悬挂有帷幕，借以将正厅与廊房相隔。正厅内相向排列着22件铠甲武士俑。
三号坑陶俑排列、出土兵器均不同于一号、二号兵马俑坑，其特点正与三号俑坑指挥部的性质相吻合。三号俑坑南北厢房共出土陶质武士俑64件，这些陶俑的排列与一、二号俑坑形成了鲜明的对比。一、二号俑坑的陶俑都是按作战队形排列，而三号俑坑出土的武士俑则是呈两两相对、夹道式排列。
三号俑坑陶俑的装束和造型特点也与一号俑坑出土的武士俑有所区别。从服饰方面比较，一号俑坑的武士俑有穿战袍的，也有披铠甲的，三号俑坑所有的武士俑都是身着铠甲。尤其是在陶俑造型方面，充分体现了秦代卫士的性格特征，三号俑坑的陶俑身材都比较魁伟，已发现的几个俑头面部神态也显得威武强悍。从身材的塑造到神态的刻画反映了古代仪仗队士卒特有的精神风貌。
武士俑手中的武器也与一、二号俑坑形成鲜明的对比。一、二号俑有大量实战性兵器，而三号俑坑大多为无刃兵器——殳，殳头呈管状，首部为多角尖锥状，套接在木柄上。这种殳显然不具备实战性能，当是专门用于仪仗的礼兵器。俑坑内先后出土30件殳，其中靠近北厢房的墙壁处发现一束铜殳，计有20件，木柄残长约1米许。从成捆殳的出土和武士俑的手势分析，三号俑坑的武士俑无疑都是手执长殳的。
古代将领在军队中有着举足轻重的作用。因而作战时都要为将领配备专职的卫兵。《商君书·境内》规定：统帅五百人的将领，配备卫兵50人，统帅千人的将领配备卫兵100人，国尉配备卫兵1000人，大将配备卫兵4000人，统帅一、二号兵马俑坑军阵的将军也应该有一定数量的卫兵。三号俑坑出土的64件手执长殳的铠甲武士俑当是担任警卫职务的殳仗队。
三号俑坑第三单元曾发现过一堆动物骨骼朽迹和一根残鹿角，这次清理第一单元时又发现了一根残鹿角。类似的文物在一、二号俑坑内从未发现过。为什么三号俑坑会出现鹿角之类的遗物呢?古代战争，往往于战前要举行一系列的仪式，卜战就是其中的仪式之一。古代占卜方法是在龟壳或牛肩胛骨的一面钻孔、灼热，然后看卜骨背面出现的兆纹以定吉凶。卜战源于史前时期的石器时代，殷代已很盛行。甲骨文中记载了很多卜战的事例。西周至春秋战国时期卜战仍然是战前的一项重要仪式。古代卜战使用的材料有龟壳、牛肩胛骨、羊肩胛骨和鹿角等。三号俑坑出土的鹿角无疑与卜战相关，它的发现是研究古代卜战仪式的珍贵资料。
三号俑坑作为统帅一、二号兵马俑坑的指挥部，理应有身份较高的将军俑。可是三号俑坑偏偏没有发现身份较高的指挥者，其车后身份最高的军吏俑还不及一号俑坑的中级军吏俑，这是什么原因呢?目前学术界尚无一致的意见。
一种意见认为三号坑西边的古墓葬即是指挥者的墓葬。在三号俑坑发现的同时，又在三号坑之西150米处钻探出一座南北向甲字形大墓。墓室面积300平方米，深12米，四周有二层台，北边的斜坡墓道长约40米。墓室内曾钻探出木板朽灰。由于它的位置与三号俑坑相距不远，因而《三号兵马俑坑发掘简报》曾推断：“此墓是否和三个兵马俑坑同为一组?墓主人是否即三号坑内的指挥者?这些还有待于以后的发掘予以验证。”这座墓俗称将军墓。
另一种意见认为秦始皇本人就是兵马俑的最高指挥者，因而指挥部才没有将军。有人认为秦始皇实行中央集权制，他自己本身就是这支军队的最高统帅，他就躺在秦俑坑西侧的秦始皇陵墓中。秦军事制度规定，平时军队不设专门的统帅，其最高统帅权归国王、皇帝所有。早期秦国君常以最高军事身份出任前敌总指挥职务，亲自领兵打仗。西垂大夫庄公曾率兵七千攻打西戎；襄公领兵救周卓有战功，周平王东迁时又带兵亲自保驾护送，故得封为诸侯，他还伐戎至岐。秦的军事力量在穆公时有了飞跃发展，创立三军，穆公数次亲率大军东征西杀，染指中原争战，并称霸西方。春秋时代，国君领兵打仗是习见之事，齐桓公、晋文公、楚庄王常如此。秦国军队的日常管理和战时指挥分别为两个系统，遇到战事，由君王任命将帅，事毕交还军权。
秦国军事长官可分为两类，一类负责本部常备兵的统御、管理、训练、考核等日常军务，如郎中令、卫尉、中郎将、校尉及地方的郡太守、郡尉和县令、县尉等；一类是负责作战指挥任务的高级将帅，如诸将军，他们平时并不统领军队，常侍从君主左右，提供咨询，参议军政事务。遇有较大战争，国君任命将或相为统帅，他才能取得指定部队的指挥权。战后，从各处征调的部队分别回归原建制，将帅们回朝复命。
国君不仅通过对领兵将相的任免、升降、赏罚控制军权，还通过调兵凭信和动用兵力的数量掌握军事大权。秦以虎符和君王玺书为调兵凭证。虎符，铜质，作立虎或卧虎状，故也叫铜虎符，分为左右两片，右片留在君王手中，左片交付领兵的军官或地方长官。发兵时由君主派使者持右符至军中，经验证左右两半符完全吻合，证明君主命令真实无伪，方可调动部队。凡调动五十人以上的兵力必须有虎符，只有当边境发生突然战争时，方允许灵活处置。目前发现的秦虎符有三个，即杜虎符、阳陵虎符、新郪虎符。秦末对农民起义军的战争就是临时命少府令章邯率军迎战。著名的秦赵长平之战也是临时密令白起为上将军的，并言军中有敢泄露白起为将者，斩。玺印也是秦时君王调兵的凭证。嫪毐在蕲年宫发动叛乱时，就是“矫王御玺及太后玺以发县卒及卫卒官骑、戎翟君公、舍人”，①说明当时凭王玺和太后玺是可以调兵的。所以秦兵马俑这支地下屯卫大军，平时就不可能设专门的大将统帅，只有到了临战时才临时命将。
三号俑坑作为指挥部没有发现身份较高的将领，正是秦代这一军事制度特点的反映。汉高祖刘邦所谓“运筹于帷幄之中”的帷幄，就是指古代军事指挥部。不过战国时期的指挥部不叫帷幄，叫“莫府”。古人对“莫府”的解释：“师出无常处，所在张幕居之，以将帅得称府，古称莫府。莫与幕同。”无论帷幄还是幕府，简单地说就是指用帐篷搭起来的前线指挥部。三号兵马俑坑的发现则提供了秦代幕府完整的形象资料。
①《史记》卷六《秦始皇本纪》
秦王扫六合/徐卫民著．—西安：三秦出版社，2006.6